نامش محمد و لقبش صدر الدین بود . اما به ملاصدرا و صدر المتالهین معروف شد . در شیراز به دنیا امد . پدرش خواجه ابراهیم ، تاجر مردیدانشمند بود . ملاصدرا در شیراز علوم زمان را اموخت و در امور تجاری نیز به پدرش کمک کرد .اما وقتی پدرش در گذشت ، برای تحصیل به اصفهان رفت . در اصفهان نزد استادانی مانند شیخ بهایی ، میرداماد و میرفندرسکی فقه و حدیث و حکمت اموخت و خود استاد شد و به تدریس پرداخت . ملاصدرا نظریات تازه ای در حکمت و فلسفه ی اسلامی داشت که پذیرش آنها برای علمای اصفهان سخت بود .به این سبب ، او را به بدعت و نو اوری متهم کردند . به همین دلیل از اصفهان اخراج شد و در کَهَک ، روستایی نزدیک قم ، رفت و در آنجا مسجدی ساخت و ۷ سال به عبادت ، تفکر و نوشتن کتاب پزداخت . بعدها امام قلی خان ، حاکم فارس ، در شیراز مدرسه ی خان را ساخت و مخفیانه از ملاصدرا دعوت کرد به زادگاهش برگردد و در آن مدرسه به تدریس بپردازد .ملاصدرا برای نخشتین بار از هماهنگ ساختن حکمت مشّایی و حکمت اشراق و عرفان ، بر زمینه ی قرآن و حدیث ، فلسفه ی جدیدی به وجود آورد که به آن فلسفه صدرایی یا حکمت متعالیه می گویند . بزرگترین اثر او در این زمینه کتاب اسفار است که هنوز هم در حوزه ها و دانشگاه ها تدریس می شود .حاج ملا هادی سبزواری و علامه طباطبایی از چهره های برجسته ی فلسفه صدرایی در دو قرن اخیرند . ملاصدرا در راه هفتمین سفر خود به حج ، در شهر بصره درگذشت و همان جا به خاک سپرده شد . ملا حسن فیض کاشانی و عبدالرزاق فیاض لاهیجی دو داماد او بودند که هر دو از دانشمندان ان عصر به شمار می روند .